Sinopse: Brotherhood não é uma continuação do anime de 2003 e sim uma versão remake, dessa vez buscando se aproximar mais dos acontecimentos do mangá.
No passado os irmãos Elric tentaram um ritual de transmutação humana, ritual esse que deu errado e teve consequências desastrosas. Edward o irmão mais velho, perdeu uma perna, já Alphonse perdeu todo seu corpo, mas para tentar trazer seu irmão de volta, Edward imediatamente fez outro ritual, sacrificando seu braço direito, ele conseguiu ligar a alma de Alphonse à uma armadura de aço, desmaiando logo em seguida. Tempos depois, tendo se recuperado emocional e fisicamente de seu fracasso inicial, Edward se torna o Alquimista do Estado mais jovem da história, adquirindo o certificado aos 12 anos. Agora com 15 anos e junto de Alphonse, os irmãos decidem embarcar numa jornada em busca da única coisa capaz de trazer seus corpos de volta ao normal, a lendária Pedra Filosofal.
O anime adapta todo seu mangá, alguns detalhes e acontecimentos foram cortados e/ou alterados.